秸秆腐烂是一个生物化学过程，涉及多种微生物的参与。在这个过程中，秸秆被分解成简单的有机物，如蛋白质、脂肪和碳水化合物。这些有机物被微生物利用，主要产生以下两种物质：
1、 二氧化碳和水：秸秆中的木质素、纤维素等难以降解的物质在腐烂后，会产生大量的二氧化碳和水。这些气体和水分可以促进植物的生长，同时也可以影响气候。
2、 有机肥料：秸秆腐烂后，其中的一些有机物质会转化成有机肥料。这些有机肥料富含氮、磷、钾等营养元素，可以为植物提供营养，促进植物的生长。这些有机肥料还能改善土壤结构，提高土壤肥力。
如果秸秆未得到适当处理，腐烂过程中微生物可能会产生一些有害的物质，如挥发性有机酸和硫化氢。这些物质会对环境造成负面影响，如产生臭味和导致土壤污染。
在农业生产中，合理处理和利用秸秆是非常重要的，既可以减少环境污染，又可以提高土壤肥力，促进农业可持续发展。