菌肥具有多种作用和功能，主要包括以下几个方面：
1、 改良土壤：菌肥施入土壤后，不仅可以补充大量的有机质，增加土壤团粒结构，还能在土壤中快速繁殖并形成活力强大的益生菌群。这有助于从根本上改善土壤及根系周边的生态结构，使多年使用化肥导致的板结土壤变得疏松透气。
2、 防治病害：菌肥中的有益菌在土壤中快速繁殖，在作物根际土壤微生态系统内形成优势种群。这有助于阻止或抑制其他有害菌的生长繁殖和对作物的危害。这些有益菌在繁殖过程中会产生如枯草菌素、多粘菌素、制霉菌素、短杆菌肽等活性物质，这些活性物质对土壤中的致病菌有明显的抑制作用，甚至对部分有害病原菌有杀灭作用，从而减少了有害微生物对作物的危害机会。
3、 调节植株生长：菌肥在土壤中大量繁殖的会产生一些代谢产物。这些代谢产物能刺激作物体内产生大量的赤霉酸、生长素、细胞分裂素等植物生长调节剂，从而调节作物的生长发育。
4、 提高养分利用率：菌肥中的有益微生物菌通过在土壤中活动，可以加速土壤中肥料养分的分解转化，提高土壤中养分的吸收活性。这有助于提高作物对土壤养分的吸收利用率，从而起到促进吸收、提高肥效、减少化肥用量的效果。
菌肥的作用和功能主要包括改良土壤、防治病害、调节植株生长和提高养分利用率等方面。这些功能使得菌肥在农业生产中具有广泛的应用前景。