EM菌种可以扩繁的次数取决于多种因素，包括菌种的品质、扩繁条件以及扩繁目的等。
虽然理论上EM菌可以无限繁殖，但在实际操作中，建议连续扩繁两次。连续扩繁两次后，活菌数量会明显减少，再进行更多次数的扩繁虽然技术上可行，但使用效果可能会变差。反复多次培养可能会破坏EM中各种微生物的比例平衡，导致EM的特性丧失，微生物的复合效果无法发挥。为了保证EM菌的品质和效果，不建议多次扩繁。
以上建议仅供参考，具体的扩繁次数应根据实际情况和需要进行调整。如有需要，建议咨询专业的农业技术人员或EM菌供应商，以获取更准确的建议。