分离菌种的两种方法是：传代分离法和涂片法。
1. 传代分离法：按照传代分离法，先需要将待测菌种分别接种到含有丰富营养物质的平板培养基上，使菌落生长并形成单独的菌落。然后，取一支无菌的匀菌棒，分别从不同的菌落上取一些菌液，再分别接种到新的培养基上，重复数次，直至得到单一的菌落。这样就成功地分离了不同的菌种。传代分离法的关键在于要保证每次传代时都从同一菌落中接种，以确保分离出单一的菌种。
2. 涂片法：涂片法是另一种分离菌种的方法。它的原理是将待测菌液用无菌铂丝或者无菌棉签沾取一些菌液，均匀地涂抹在培养基的表面，然后让培养基在适宜温度下静置培养，待菌落生长到足够大并形成单独的菌落时，再用无菌的铂丝或者无菌棉签将其移植到新的培养基上进行纯化。涂片法简单易行，常用于分离常见的微生物。它也容易造成菌落重叠和混杂，影响分离结果。涂片法不能取代传代分离法，应根据需要选择合适的方法。
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