反相色谱中极性大小出峰顺序与溶剂极性有关,极性较大的化合物将更容易与极性较小的溶剂发生相互作用而被留下,所以出峰顺序与溶剂极性有关。极性较大的化合物将在反相色谱中先出峰,极性较小的化合物则后出峰。还有其他因素会影响化合物在反相色谱中的出峰顺序,如样品的结构、流速等。