琼花灭绝的原因主要与其生长环境的特殊性和历史上的战乱有关。
琼花，在植物学上又名“聚八仙”，是我国千古名花，每年四至五月绽放，色如美玉，风姿绰约。古代的琼花是聚八仙的一个变种，只适宜生长在扬州后土庙，移到别处则难以成活。这一特点使得琼花的生存范围极为有限，一旦其原生地环境遭到破坏，琼花的生存便面临极大的威胁。
在历史上，琼花曾经历多次移植。北宋时期，宋仁宗曾尝试将琼花从扬州移植到汴京的御花园，但移植后的琼花次年即枯萎，最终只能送回扬州。南宋时期，琼花再次被移植，但同样因为无法适应新环境而枯萎。这些移植尝试虽然显示了人们对琼花的喜爱和珍视，但也进一步加剧了其生存环境的破坏。
更为严重的是，到了南宋时期，政局动荡不安，琼花也成了战乱的牺牲品。南宋高宗绍兴年间，金人攻占扬州，将琼花连根拔起，虽然后来在道士唐大宁的照料下重新萌芽吐蕊，但琼花的生命力已经受到严重损害。而在南宋德祐乙亥年，元兵攻陷扬州，琼花竟然不开花，突然死去。这次战乱对琼花的生存造成了致命的打击，导致其最终灭绝。
琼花的灭绝可以归结为两个主要原因：一是其生长环境的特殊性，使得琼花难以适应新的生长环境；二是历史上的战乱和人为破坏，使得琼花的生存环境遭受严重破坏，最终导致其灭绝。尽管琼花已经灭绝，但其在文化上的象征意义仍然被人们铭记，扬州人更是将聚八仙花视为琼花的化身，尊为市花，并精心培育和呵护。