斑马鱼在4\~5个月大时会达到性成熟，并具备繁殖能力。为了大规模繁殖，通常在7\~18月龄时进行。此时，将雌雄亲鱼放在一起，它们就可以完成配对并产卵受精。繁殖期间，水温应控制在25\~26℃，pH值应在6、5\~7、5左右。为了防止斑马鱼吃掉自己的卵，建议在缸底放置一个尼龙网板，使鱼卵能够落下去并避免被吃掉。
在规模养殖中，每个40升左右的水族箱中可放养雌鱼8尾或雄鱼16尾，每天投喂优质活饵料2\~3次，并换水1/3，培育6\~7天。在繁殖的前一天，将雄鱼转入雌鱼所在水族箱，雌雄比为1：2，并在水族箱中铺上玻璃珠。第二天清晨雌鱼会产卵，同时雄鱼排精，受精卵会落入玻璃珠间隙中，用虹吸法收集受精卵。之后，将雄鱼转回原水族箱中养殖，而玻璃珠则进行高温消毒或用浓度4%的盐水浸泡4小时，再流水冲洗干净。这样，斑马鱼就可以每7天用此方法繁殖一次，每个水族箱每次可产生1000粒以上的受精卵。
斑马鱼通常在养殖4\~5个月后可以开始繁殖，但为了大规模繁殖，通常选择7\~18月龄的斑马鱼。在繁殖过程中需要注意控制水温、pH值，以及采取防止鱼吃卵的措施。