小麦纹枯病的病原菌是禾谷丝核菌等，其中菌核是重要的初侵染源。
在适宜的环境条件下，菌核萌发产生菌丝侵入小麦植株，引起纹枯病的发生。该病害主要发生在叶鞘及茎杆上，发病初期在地表或近地表的叶鞘上产生黄褐色椭圆形或梭形病斑，以后病部逐渐扩大，颜色变深，并向内侧发展为害茎部。小麦生长中期至后期叶鞘上的病斑呈云纹状花纹。
小麦纹枯病在全世界各温带小麦种植地区普遍发生，是麦区常发性病害，对小麦产量造成严重影响。
为了防治小麦纹枯病，应选用抗病、耐病品种，适期播种，避免早播，适当降低播种量，采用配方施肥技术配合施用氮、磷、钾肥，不要偏施氮肥，增强抗病力。种子处理也是防治小麦纹枯病的重要措施之一，可以选用适当的药剂进行拌种处理。