水路运输的缺点包括以下几个方面：
1、 受自然气象条件因素影响大。由于水路运输主要依赖天然航道，所以其受自然气象条件如风速、水流、潮汐、冰冻等的影响较大，这可能导致运输的中断和延误。
2、 营运范围受到限制。水路运输通常只能在天然航道或者人工运河等水域进行，所以其营运范围相对有限，如果没有天然航道则无法运输。
3、 航行风险大，安全性略低。水路运输中船舶的航行风险较大，如遇到恶劣天气、水流、潮汐等因素可能导致船舶事故，从而影响运输安全。
4、 运送速度慢，准时性差。与陆路运输和航空运输相比，水路运输的运送速度较慢，且准时性相对较差，这可能导致货物在途时间长，增加经营风险。
5、 搬运成本与装卸费用高。由于水路运输的运能较大，所以装卸作业量也相对较大，这可能导致搬运成本和装卸费用较高。
水路运输的缺点并不意味着它在所有情况下都不适用。在实际应用中，需要根据货物的性质、运输距离、成本等因素综合考虑，选择最合适的运输方式。