锦鲤体内有寄生虫的治疗方法如下：
1、 发病后用20毫克/升浓度的高锰酸钾水溶液，浸洗病鱼15~30分钟。
2、 全池泼洒甲苯咪唑，剂量为每亩每米水深15克，在用药后72小时内不加注新水。
3、 内服恩诺沙星药饵，每100千克鱼每天用2克恩诺沙星原粉拌饵，分三次投喂，6天一个疗程。
4、 待病情得到控制后，患病鱼池要换注20厘米左右的新水。
锦鲤也会产生一定的抗药性，所以平时饲养锦鲤的时候，要保证它们生活水质的洁净，定期给锦鲤进行消毒，加强过滤系统，避免水质恶化滋生细菌。同时还要注意生化过滤，这样鱼缸里会增多一些硝化细菌，这样即便是锦鲤有少量的寄生虫，也能够凭借着水里的生态平衡，自己痊愈。
以上方法仅供参考，如果锦鲤的病情没有好转，建议寻求专业兽医的帮助。