小丑贝鱼的繁殖是一种卵生繁殖。通常是雌鱼在浅海区找到一个适合产卵的地方,将卵产放在岩石、珊瑚或其他海底物体上。在这个过程中,雄鱼会围着雌鱼游来游去,保护她以及卵。雌鱼一般会产下几百到几千颗卵,然后离开,让雄鱼照顾卵和孵化后的蝴蝶鱼幼仔。孵化通常需要7-10天的时间,孵出的小鱼会漂浮在海水中,这时父亲会照顾它们,保护它们不受捕食者的攻击。小鱼长到一定大小后就可以离开父亲,开始自立独立。