iPad触屏无反应但Pencil可以使用的原因可能有多种。软件问题可能是一个原因，如应用程序冲突、系统更新引起的问题等。在这种情况下，重新启动iPad或尝试进入“安全模式”或“无插件模式”以关闭所有第三方应用程序并检查屏幕是否恢复正常可能有助于解决问题。
硬件故障也可能是导致触屏无反应的原因之一。如果iPad曾经摔落或受到水损，触摸屏可能会受到影响。过热也可能导致iPad触屏无反应，因为长时间使用或充电可能导致iPad过热。在这种情况下，将iPad放置在凉爽的地方直到其冷却可能有助于解决问题。
如果以上方法都无法解决问题，那么可能是硬件故障，需要将iPad送到维修点进行检修。在寻求专业维修服务之前，还可以尝试检查是否有可用的软件更新，因为软件更新有时可以修复一些bug并提高设备的性能。
如果问题持续存在，建议联系Apple的客服或前往Apple Store寻求专家的帮助。他们可能会提供更具体的解决方案或建议。