《三体》小说的结局是，宇宙被归零者重启，程心他们都在等待，但没有公布结果，人类并没有打击三体人，而是万有引力号通过引力光波向宇宙公布了三体星球坐标，一个不知名的高等文明摧毁了三体星球，但三体人部分已经逃向了太空，三体文明并没有彻底毁灭，同时他们放弃占领地球，因为地球也向宇宙暴露了坐标，这也导致了太阳系的二维化毁灭。
从通常意义上理解，三体人因为自身极端恶劣的环境，为了避免必然的种族灭亡，开启了侵略太阳系，灭亡人类的目标。也正因为如此，三体人用智子死锁了人类的科技，人类迫不得已只能采用科技和军事之外非主流的方案和三体进行对抗，其中最有名的就是罗辑的黑暗森林威慑。
三体第一舰队找到了新家园，建立了新的文明和小宇宙！三体第二舰队在金牛座星系与未知文明大战，可能被团灭！人类文明的蓝色空间和万有引力号创建了4个新的世界成为了银河系新人类延续了太阳系文明！还有一个特殊的三体小宇宙里仅有一个公元人程心，银河系新人类关一帆和三体机器人智子，最终在小宇宙里待到大宇宙重启！
说宇宙毁灭并不准确，因为在那之后，会有新的宇宙诞生，新的宇宙会从田园时代开始新的轮回。所以，从这一点来看，结局也并不那么令人悲伤了。只是新的宇宙一切都从头开始了，会有怎样的境遇，就是另一番故事了。事实上，《三体》的最初设定就是宇宙毁灭。