中亚牧羊犬有多种颜色，包括棕色、白色、黑色、灰色、红色、蓝色和三色等。其中，棕色中亚牧羊犬的毛色较为常见，身体大多数部位呈深棕色，有些还带有淡黄色或白色斑点；白色中亚牧羊犬则身体大多数部位呈白色，部分个体还带有淡黄色或灰色斑点；黑色中亚牧羊犬的毛色全身为黑色，有些还带有淡红色或白色斑点；灰色中亚牧羊犬的毛色多为深灰色或浅灰色，有些还带有白色斑点；红色中亚牧羊犬的毛色多为浅红色或深红色，有些还带有白色斑点；蓝色中亚牧羊犬的毛色为蓝灰色，有些还带有白色或淡黄色斑点；三色中亚牧羊犬的毛色则是深棕色、白色和黑色的组合。中亚牧羊犬的毛色丰富多彩，这也是其受人们喜爱的原因之一。
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