杂交水稻的基因重组原理是基于基因重组的技术。基因重组是指在生物体进行有性生殖的过程中，控制不同性状的基因重新组合。在杂交水稻中，这一原理的实现主要是通过人工控制和选择两个不同亲本的杂交，使得它们能够传递不同的遗传物质，并重组基因。
当两个亲本杂交时，交配后代的基因组会发生重组，形成新的基因组合。这些新的基因组合在后代中表现出来，从而形成了新的水稻品种。这种技术主要分为亲本选育和组合选配两部分。亲本选育是选择具有优良性状的水稻品种作为父本和母本，而组合选配则是通过人工控制授粉，将父本的花粉传递给母本，使杂交后代能够获得父母本的优良性状。
杂交水稻具有个体高度杂合性，杂种后代出现性状分离，所以需要年年制种。杂交水稻的产生还涉及到染色体物质的物理交换等复杂的生物学过程，这些过程都对于杂交水稻的成功育种至关重要。
杂交水稻的基因重组原理是通过人工控制和选择两个不同亲本的杂交，实现基因重组，从而创造出具有优良性状的新水稻品种。这一技术的成功应用，不仅提高了水稻的产量和品质，也为现代农业的发展做出了重要贡献。